基因組平臺是所級中心測序技術支撐和技術開發部門,負責生物樣品核酸提取和檢測、文庫構建、上機測序和基本數據處理、生物樣品庫維護等任務,裝備先進的NGS高通量測序技術平臺(HiSeq2000、HiSeq3000、HiSeq4000和Ion Proton)、單分子測序儀(PacBio RSII)以及核酸質譜儀Agena(原Sequenom MassArray),可開展基因組從頭測序、基因組重測序、轉錄組測序、小RNA測序、甲基化測序、ChIP-seq測序、單細胞基因組和單細胞轉錄組測序、外顯子組測序、全長轉錄本測序、高通量SNP檢測等技術服務。通過多年的經驗積累和技術開發,在微量樣品測序、RNA甲基化測序、大片段Mate-paired文庫構建、全長轉錄本測序研究等方面,平臺保持技術領先。
基因組平臺特色技術有:
一、微量樣品測序
1.DNA測序:起始量低至1ng;
2.DNA甲基化測序:起始量低至100ng;
3.轉錄組測序:總RNA起始量低至100ng;
4.ChIP-seq測序:起始量低至5ng;
5.全外顯子組測序:起始量低至50ng;
二、RNA甲基化測序
RNA 5mC甲基化測序檢測;
三、大片段Mate-paired文庫構建
1.1-15kb文庫構建;
2.35kb文庫構建;

圖1. 1-15kb Mate-paired文庫構建流程

圖2. 35kb文庫構建及末端測序流程
四、全長轉錄本測序
1.基于SMART技術的全長轉錄本文庫構建;
2.多個樣品(單細胞)barcode混合構建全長轉錄本文庫;
3.PacBio測序平臺測定獲取全長轉錄本序列及數據分析;

圖3. PacBio全長轉錄本測序分析流程

圖4. PacBio全長轉錄本研究基因可變剪接優勢示意圖
五、復雜基因組測序解決方案
1.綜合運用小片段文庫測序、Mate-paired文庫測序及Fosmid 35kb文庫測序,組裝Contig、構建Scaffold;
2.利用三代PacBio測序平臺,獲得長讀長(>10kb)序列數據,整合二代測序數據,組裝基因組精細圖。