10月23日，北京市疾病預防控制中心、中國醫學科學院病原生物學研究所、北京大學、清華大學、中國科學院北京基因組研究所合作在《國家科學評論》（National Science Review）上在線發表題為“北京新冠肺炎疫情再現可能源于冷鏈食品污染”（Cold-chain food contamination as the possible origin of Covid-19 resurgence in Beijing）的研究論文。該論文通過對2020年6月北京疫情相關病例、環境與食品等樣品的核酸測序和病毒基因組序列分析，結合全面的流行病學調查和大數據分析，揭示了該疫情可能源于冷鏈食品污染，提出冷鏈運輸可能是新冠病毒傳播的新途徑。
研究團隊利用自主開發的低病毒載量樣品處理方法，對110個病例和環境樣本進行了高通量核酸測序，共獲得了72條高質量的新冠病毒基因組序列。分析發現，這些序列均具有8個特征性突變位點（C241T、C3037T、C14408T、A23403G、GGG28881-28883AAC和C6026T），這些位點在我國此前的本土和輸入病例中從未發現過。與新冠病毒基因序列數據庫比對，發現除C6026T之外，具有其它7個突變位點的病毒主要存在于歐洲。這些結果進一步提示新發地疫情的病毒應為單一性的新發境外輸入。
該論文的完成，體現了多個研究機構中不同專業背景科研人員之間的精誠合作，也為今后類似復雜問題的快速解決提供了一種有效的方案。北京市疾病預防控制中心新冠病毒肺炎防控和檢測組參與完成現場調查、樣本采集和核酸篩查。中國醫學科學院病原生物學研究所王健偉/任麗麗研究團隊在P3實驗室完成了樣品的核酸測序前處理流程。北京大學黃巖誼與清華大學王建斌課題組發展的快速基因組測序樣品處理方法為新發地疫情關鍵樣品的準確快速病毒測序提供了技術基礎和實驗支持。中國科學院北京基因組研究所李明錕課題組完成了對關鍵樣品序列的分析。
新發地疫情樣本序列及其近緣序列進化樹
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