美國印第安納普渡大學劉曉文博士訪問基因組所
11月14日,美國印第安納普渡大學劉曉文博士,應Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB)編輯部焦玉霞博士的邀請,到基因組所進行學術訪問交流,與基因組所劉斯奇、吳琳、婁曉敏及王全會博士等進行了長時間的交流與探討,并在基因組所為相關科研人員做了題為“Computational Challenges in Top-Down Proteomics”的學術報告,婁曉敏博士主持了本次報告會。
劉曉文博士的研究團隊在傳統Bottom-up蛋白質組學研究的基礎上,致力于開發新興的Top-down蛋白組學的計算方法。通過動態規劃等算法,劉博士研究組開發了一系列開放獲取的專業軟件,以克服Top-town蛋白組學分析中假陽性率高、速度慢、對計算要求高等困難。此外,劉博士嘗試將Bottom-up和Top-down蛋白組學方法結合起來,對突變高修飾復雜的蛋白,如抗體蛋白進行de novo蛋白測序,取得了較高的準確率。這些成果對于研究翻譯后修飾(PTMs)等有非常重要的意義。本次講座以互動方式進行,以解答觀眾席中源源不斷的問題。劉博士還慷慨地提供了正在開發軟件的試用機會。
劉曉文博士2007年獲香港城市大學計算機科學專業博士學位,后于香港城市大學從事助理研究員工作,并于2008年開始先后在加拿大西安大略大學、加拿大滑鐵盧大學及美國加尼福利亞大學進行博士后研究工作。2012年至今,擔任美國印第安納波利斯大學BioHealth信息學系的助理教授,主要進行生物信息學和計算生物學研究。
近年來,劉博士在PNAS, Molecular & Cellular Proteomics, Journal of Proteome Research, BMC Genomics, Proteomics, Bioinformatics等本領域知名期刊發表論文20余篇。他從2013年起擔任GPB期刊編委,積極幫助期刊組稿、審稿、宣傳,為期刊發展做出了貢獻。
為更好地搭建國內科研人員與本領域國際專家學術交流的平臺,北京基因組研究所GPB編輯部組織開展了GPB杰出學者論壇活動。主要是借助編輯部外出參加學術會議的機會,尋找合適的杰出專家學者,來本所進行學術訪問,與相關研究員進行交流、探討與合作,并為科研人員做學術報告,充分發揮編輯部的橋梁紐帶作用,促進對最新研究動態的交流。
劉曉文博士在基因組所作學術報告