基因組學與信息重點實驗室

例會學術報告

報告一：從基因組進化看細菌陸生化
報告人：吳浩博士 章張組
報告摘要：
水和土壤是自然界中微生物生活的基本環境，與水環境相比，土壤環境十分不穩定，主要表現在水分短缺、營養匱乏、輻射嚴重等，因而不利于微生物的生存，但長時間的進化卻賦予細菌戰勝土壤環境的種種“武器”，形成了與水生菌截然不同的土壤菌群。恒定土壤菌群（Terrabacteria）的存在現已被宏基因組學（Metagenomics）研究廣泛證實，其優勢菌群主要包括變形菌門（Proteobacteria）、放線菌門（Actinobacteria）、酸桿菌門（Acidobacteria）、浮霉菌門（Planctomycetes）以及疣微菌門（Verrucomicrobia）。現今的主流假說認為細菌是由水中慢慢過渡到陸地環境中的，然而對水生菌是怎樣完成陸生化的過程卻一知半解，而且為什么是上述細菌而不是其它菌門的細菌成功登“陸”也不得而知。在本報告中我們將通過比較基因組學分析、宏基因組學分析及進化分析對這些問題進行探討。
報告二：組學大數據整合和信息挖掘
報告人：章張 研究員
報告摘要：

高通量測序技術的迅猛發展推動生命科學進入到多組學大數據時代，這使得傳統的數據存儲、整合和挖掘方法已無法適應海量生物數據的處理需求。云計算（Cloud Computing）可幫助實現生物大數據的管理和分析，而Hadoop是一套云平臺構建的開源軟件框架，利用Hadoop提供的分布式并行計算框架MapReduce和分布式文件系統HDFS，可實現大數據的分布式存儲和并行分析。同時，生物審編（Biocuration）是生物大數據整合的關鍵，不僅包括生物數據本身的整合，還包括海量文獻內相關信息的組織和整理，是國際生物數據中心（包括NCBI和EBI）成功的關鍵因素之一。本報告將介紹本課題組正在建立開發的基于Hadoop的生物大數據整合和挖掘平臺Qomo（http://cloud.big.ac.cn）以及面向以水稻為代表的我國重要經濟農作物的多組學數據資源庫RiceWiki（http://ricewiki.big.ac.cn）。

主持人：章 張 研究員
時間： 2014年5月13日（星期二）上午10:00-11:30
地點：北京基因組研究所一樓會議廳





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