近日，由中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的人類長非編碼RNA（long non-coding RNA, lncRNA）知識庫LncRNAWiki 2.0正式上線。該研究系統介紹了LncRNAWiki更新版主要內容，并以“LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research 在線發表。

　　LncRNA通過復雜多樣的分子機制發揮重要功能，在多個生物學過程發揮重要作用，與人類疾病的發生發展密切相關。LncRNAWiki是一個基于MediaWiki框架開發的人類lncRNA群體審編知識庫，最初注釋了86個文獻報道的lncRNA。此后，研究團隊每年持續增加新的功能性lncRNA并豐富lncRNA注釋。截至2020年，LncRNAWiki已包含2,056個功能性lncRNA的注釋信息，為了解lncRNA的功能和研究進展提供了重要的資源平臺。

　　為方便數據結構化管理及統計查詢，LncRNAWiki 2.0大幅提升了系統框架，并建立了標準化審編模型。具體來說，2.0版主要基于MySQL/Java構建，結構化展示功能性lncRNA的10類注釋信息，實時統計多種關鍵內容的研究進展，支持注冊用戶根據審編模型在線提交/編輯/更新lncRNA相關知識，并基于審編知識和生信分析結果預測lncRNA功能。在群體審編方面，提供了包含分子特征、臨床關聯、靶基因、調控因子、實驗樣本、生物學功能、CRISPR實驗、文獻等10類內容的系統性審編模型，支持結構化審編注釋。為確保審編質量，增加了專業審核環節，且任何用戶均可報告lncRNA頁面上的注釋錯誤。

　　目前，LncRNAWiki 2.0共包含2,512個lncRNA的106,242條知識關聯信息，這些關聯知識主要來自于對16個專業數據庫信息的標準化整合審編。基于全面豐富的注釋，在統計頁面為研究人員提供實時的lncRNA功能圖譜，例如根據現有注釋可知70%以上的lncRNA研究集中在疾病方面，在肝癌、白血病、結直腸癌中的研究較多；MALAT1、HOTAIR、H19等被報道較多，具有豐富的功能注釋信息；lncRNA的定位研究主要集中在外泌體、細胞核中；帕比司他、順鉑和多西紫杉醇三種藥物與lncRNA的關聯研究較多。所有相關知識在Browse頁面均可一鍵免費下載。

　　LncRNAWiki 2.0數據庫具備友好的網頁界面，方便數據管理，包括數據提交、編輯、審核、錯誤報告，以及瀏覽、搜索、下載和統計，提供了多種在線工具，用于lncRNA ID轉換、序列比對和功能預測，助力發掘新的lncRNA功能，有望成為lncRNA功能注釋和研究的重要資源平臺。

　　北京基因組所（國家生物信息中心）特別研究助理劉琳，博士研究生李昭和碩士研究生劉暢為本文共同第一作者，馬利娜副研究員與章張研究員為共同通訊作者。該研究得到了中科院戰略性先導科技專項、國家重點研發計劃、中科院青促會等項目資助。

 　　LncRNAWiki 2.0知識審編流程與主要內容

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