北京基因組所開發完成植物RNA編輯體數據庫PED
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心開發了國際上首個植物RNA編輯體數據庫—PED（Plant Editosome Database）。該庫基于人工審編整合多種植物RNA編輯因子和大量RNA編輯事件等信息。研究成果以“Plant editosome database: a curated database of RNA editosome in plants”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。
RNA編輯在植物的生長、開花、細胞器發育、應激反應等過程中發揮重要作用。近些年來，大量RNA編輯因子被鑒定出來參與RNA編輯過程，它們會組合成復雜多樣的編輯復合體（RNA editosome）并對特異的RNA位點行使編輯功能。雖然已存在幾個整合RNA編輯位點信息的數據庫，但目前仍缺少系統梳理整合植物RNA編輯因子的專門數據庫。基于文獻審編和植物細胞器基因組注釋，PED全面整合了RNA編輯因子及相關數據，為研究人員提供關于植物RNA編輯的最新相關信息。
目前，PED收錄了在8種模式植物（擬南芥、水稻、玉米等）中發現的98個RNA編輯因子，描述信息包括RNA編輯因子注釋，編輯因子與編輯位點相互作用，編輯因子對植物功能和表型影響以及詳細實驗證據等。此外，PED還整理了來自1,621種植物的20,836個RNA編輯事件，這些位點分布在203種細胞器基因上，涵蓋1673個植物細胞器。
PED數據庫整合及標準化RNA編輯因子，RNA編輯事件及其相互作用等信息，為RNA編輯機制及RNA編輯系統進化研究奠定數據基礎。此外，PED配備了界面友好的瀏覽、查詢、篩選和下載功能，用戶可以方便地從RNA編輯因子、RNA編輯事件、物種三個角度瀏覽并下載相關注釋信息。
該研究得到了中國科學院戰略性先導科技專項、中國科學院國際合作計劃、國家科技攻關計劃等項目基金的資助。
