近日，中科院北京基因組研究所生命與健康大數據中心開發了國際上第一個全基因組核小體定位圖譜數據庫——NucMap（Nucleosome positioning map）。該數據庫在研究所高性能計算平臺和大數據存儲平臺的支撐下，基于人工審編整合了大量全基因組核小體測序數據，識別多物種不同條件下的核小體定位圖譜，并提供相關的RNA-seq、DNA甲基化、組蛋白修飾、轉錄因子 ChIP-seq數據信息。研究成果以“NucMap: a database of genome-wide nucleosome positioning map across species”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。

　　核小體是真核生物中DNA包裝的基本單元，由一段圍繞八個組蛋白核心序列纏繞的DNA組成。已有研究發現核小體在染色體上并非均勻分布。核小體位置會影響轉錄起始和延伸，進而通過控制轉錄因子結合位點的活性來影響基因活性。隨著近年來關于核小體定位研究的不斷增加，在不同物種中產出了大量的全基因組核小體測序數據，然而，目前世界范圍內仍缺少一個全面有效的核小體定位圖譜資源平臺。NucMap數據庫的開發完成，填補了這一空白。

　　NucMap整合從酵母到人類的15個物種的477個樣本中798個全基因組核小體測序數據，包含搜索、瀏覽、分析和下載等主要功能模塊。數據庫提供的樣本搜索功能幫助用戶查找特定的樣本并查看樣本的Meta信息及相關的其他組學數據信息，基因搜索功能則有助于用戶查看指定基因相關的核小體定位信息。NucMap整合JBrowser瀏覽器，幫助用戶快速瀏覽樣本的核小體定位圖譜和上傳其他相關組學數據進行多組學圖譜比較。數據庫中的分析模塊能夠對核小體定位模式進行全局分析，繪制核小體占據譜。NucMap提供所有數據的直接下載。

　　NucMap是跨物種核小體定位數據的第一個開放資源平臺。作為大數據中心的重要數據庫資源之一，NucMap將不斷收集和整合已發布的核小體定位數據。為深入了解染色質生物學特征，未來NucMap將與MethBank，Cistrome和ENCODE等其他公共表觀基因組學數據庫兼容。基于對跨組學數據的綜合分析，有助于生物學家了解染色質調控的更多信息。

　　該研究得到了國家重點研發項目、國家發改委項目、國家自然科學基金等基金的資助。

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