基因組所與昆明動物所合作完成犬科數據整合與共享系統研發
近日,由北京基因組所與昆明動物所合作開發的犬科動物數據庫iDog正式上線。該項研究成果以“iDog:an integrated resource for domestic dogs and wild animals”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。iDog是第一個致力于家犬(Canis lupus familiaris)和野生犬科動物的綜合性數據資源庫,為全世界從事犬科研究的科研人員提供各種數據服務和在線分析工具。
家犬是自然界中種內遺傳多樣性最為豐富的物種之一,也是許多人類遺傳病的基礎研究模型。近年來,隨著基因組學技術發展,越來越多犬種的基因組被解析,犬類基因、SNP、品種、疾病、基因表達等生物數據也被大量發布,但尚未有提供犬類完整數據服務的數據庫,為該類研究帶來不便。
北京基因組研究所聯合昆明動物所合作開發iDog數據庫系統,整合豐富的犬科多組學數據,提供統一的數據共享服務。同時,還整合了序列比對工具用于線上數據分析以及基因組瀏覽器用于數據可視化解析。iDog的建立不僅有利于全球范圍內犬科動物的研究,同時還為大量的愛狗人士提供了一個用戶友好的界面查找相關寵物狗信息。
iDog具有良好的可拓展性和持續性,主要包含基于127個家犬樣本基因組重測序數據產生的變異信息數據庫、含有32220個基因的犬科動物基因數據庫、基于RNA-Seq測序數據的基因表達數據庫、犬科動物相關疾病的文獻數據庫、人-狗疾病同源信息數據庫、犬科動物基因組拼接數據庫等。iDog將在持續整合更多的組學數據,在Dog10K項目的背景下,更新高質量的數據集,逐步轉化成犬科動物基礎研究的信息知識寶庫。
該項目得到了中國科學院戰略性先導科技專項、國家自然科學基金、國家重點研發計劃等基金資助。
iDog系統的數據資源