北京基因組所開發長非編碼RNA數據庫LncBook
近日，由基因組所開發的人類長非編碼RNA（long non-coding RNA, lncRNA）數據庫LncBook正式上線。該項研究成果以“LncBook: a curated knowledgebase of human long non-coding RNAs”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。
近年來，有關lncRNA的研究一直是國際熱點，研究表明，lncRNA在多種生物過程中發揮了重要作用并與疾病的發生密切相關，但lncRNA的注釋信息及質量仍遠遠落后于蛋白編碼基因。LncBook數據庫不僅提供了豐富的高質量人類lncRNA數據集，還進行了大規模的多組學數據分析，以及系統的功能與疾病注釋，為功能實驗研究及生物信息學分析提供了大量可用信息與數據。
基于嚴格的審編標準，LncBook整合已有lncRNA數據并鑒定新的lncRNA，共獲得270,044個lncRNA轉錄本。在此基礎上，LncBook在lncRNA表達、甲基化、變異、miRNA-lncRNA相互作用這些多組學層面進行大規模深層次的數據分析。在表達層面，繪制lncRNA在32或者53種正常人類組織中的表達圖譜，并鑒定出49,115個高度組織特異（tissue-specific）和819個持家（housekeeping） lncRNA；在甲基化層面，構建lncRNA在9種癌癥中正常與癌癥狀態下的promoter及body區的甲基化圖譜；在變異層面，基于dbSNP數據庫SNP位點注釋lncRNA區域92,725,757個SNP最小等位頻率（基于千人基因組數據）、ClinVar與COSMIC疾病關聯信息；預測了128,392,451個lncRNA-miRNA的相互作用條目。上述的結果以圖或表的形式展示在LncBook數據庫中，相關信息均可免費下載。基于以上數據，LncBook還預測了97,998個潛在的疾病關聯lncRNA。此外，在LncRNAWiki的基礎上LncBook對1,867個文獻報道lncRNA進行了系統的功能與疾病信息注釋。
LncBook作為重要的lncRNA資源庫，提供了目前為止數據量最為豐富的人類lncRNA數據。作為LncRNAWiki數據庫的補充，LncBook具備友好的查詢、瀏覽與可視化功能。用戶可通過ID／symbol、功能、疾病名稱等檢索lncRNA信息，瀏覽指定lncRNA的多組學信息，并通過ftp下載所有相關注釋信息與分析結果。此外，LncBook還提供了可用于lncRNA序列比對、分類、編碼能力預測等研究的工具，方便在線分析。
該研究與沙特阿卜杜拉國王科技大學（King Abdullah University of Science & Technology，KAUST）Vladimir Bajic教授合作開展。研究得到了中國科學院戰略性先導科技專項、中國科學院國際伙伴計劃、中國科學院“十三五”信息化專項等基金資助。
