北京基因組所表觀基因組數據庫MethBank 3.0發布
近日，中國科學院北京基因組研究所生命與健康大數據中心表觀基因組數據庫—Methbank升級版，以“MethBank 3.0: a database of DNA methylomes across a variety of species”為題在國際學術期刊Nucleic Acids Research在線發表。3.0版在原有基礎上整合了多個物種的數百個高質量DNA甲基化組并為用戶在線瀏覽、查詢與可視化甲基化數據信息提供了友好的界面。
DNA甲基化作為表觀修飾的重要組成部分，在人類疾病與衰老、動物胚胎發育以及植物生長發育過程都起著重要作用。Methbank 3.0整合了大量DNA甲基化數據，對系統探索DNA甲基化特征具有重要意義。Methbank 3.0收錄了4,577個健康人外周血樣本的450K芯片數據，編審成34個不同年齡組的參比甲基化組（consensus reference methylomes，CRMs），并提供了不同年齡組健康人基因組胞嘧啶位點甲基化水平的分布范圍，整合了5個重要經濟作物（水稻、大豆、木薯、菜豆和番茄）不同發育階段多個組織的336個單堿基精度甲基化組（single-base resolution methylomes，STMs）和兩個模式動物（斑馬魚和小鼠）的配子與早期胚胎發育的18個單堿基精度甲基化組。相比于之前版本，MethBank 3.0進行了更加詳細、系統的注釋與分析，識別了692個年齡相關甲基化位點、2,371個與年齡無關的位點、304,886個差異甲基化啟動子（DMPs）、53,680個年齡特異的甲基化位點（age-specific DMCs）、1,716個年齡特異的甲基化區域（age-specific DMRs）以及693,825個甲基化的CpG島。此外數據庫還提供了兩個分析工具（Age Predictor和IDMP）分別用于預測人的甲基化年齡和識別差異甲基化啟動子。
Methbank 3.0配備了友好的瀏覽、查詢與可視化功能，用戶可通過基因ID／symbol、基因組位置等檢索甲基化信息，瀏覽指定物種差異甲基化啟動子或高甲基化CpG島，通過ftp下載所有相關注釋數據與分析結果。
該研究得到了中國科學院戰略性先導科技專項、中國科學院國際合作計劃、國家科技攻關計劃、國家863計劃等項目基金的資助。
