結核病已連續兩年超過HIV成為全球第一大傳染病。據WHO結核年報報道，2015年全球新增結核病例1,040萬，死亡180萬。另外，目前全球約有三分之一人口(約20億)為結核菌攜帶者，感染者中約1/10的人最終會發展為活動性結核。結核分枝桿菌復合群（MTBC）是引發結核病的元兇，其成員在基因組序列上極為保守，一致性超過99%，但是不同譜系的菌株在毒力、宿主適應性等方面存在較大表型差異，這可能是MTBC菌株與不同的宿主之間長期共進化的結果。長期的地理隔離導致了基因型隔離與遺傳隔離，從而進一步造成MTBC表型的差異。為了揭示不同MTBC菌株致病性、宿主適應性等表型差異的遺傳基礎，探尋高度保守的MTBC基因型和多樣化表型之間的聯系，北京基因組所基因組科學與信息重點實驗室陳非研究組與首都醫科大學附屬北京胸科醫院暨國家結核病臨床實驗室黃海榮研究組合作，選取了分屬不同譜系（包括標準株H37Ra、H37Rv、牛結核、卡介苗）、適應于不同宿主且表現出不同致病性的12株MTBC菌株，借助比較基因組學手段，全面揭示了導致MTBC宿主適應性、毒力和免疫原性差異的遺傳基礎。 

　　科研人員通過對感染不同宿主的結核桿菌的比較分析，發現了三類只存在于人源菌株中的基因，包括2個烯酰輔酶A水合酶、5個PE/PPE家族蛋白和8個mce3家族蛋白。這些基因中的絕大多數已被實驗證明在結核毒力和免疫中發揮重要的作用，它們在動物源菌株中的特異性缺失極有可能導致結核桿菌宿主適應性差異。通過對MTBC毒力因子的分析發現13個只存在北京系中的SNPs，它們很可能是導致北京系菌株毒力更強的原因之一；對實驗室最常用的標準有毒株H37Rv與無毒株H37Ra的比較，發現3個可能導致H37Ra毒力減弱的突變位點，包括已被實驗驗證的S219L (PhoP)、A219E (MazG) 和1個新發現的I228M (EspK)；對動物源有毒株牛結核桿菌和弱毒株（卡介苗及田鼠分枝桿菌）的分析發現，RD1區域的前4個基因而非傳統觀念所認為的整個RD1區可能是導致動物源結核桿菌毒力減弱的原因。通過對MTBC抗原決定簇的分析發現，北京系菌株特異缺失了4個抗原決定簇，它們的缺失可能導致北京系菌株的免疫逃逸，從而毒性更強。此外，不同宿主的結核桿菌在抗原決定簇上也存在差異，反應了不同宿主的結核桿菌與相應宿主之間特異的免疫反應。 

　　該研究揭示了導致MTBC菌株表型差異的基因組突變，增強了對于MTBC基因組如此保守而表型差異如此顯著的理解。此外，在整個MTBC范圍內系統的比較基因組學研究為更好的理解MTBC的致病機制奠定了基礎，為結核病的防治提供了新的檢測靶標，進一步促進了針對結核病疫苗的研發。 

　　該成果于2017年3月在線發表于Front. Cell. Infect. Microbiol.期刊。該項研究得到中國科學院重點部署項目、重大傳染病防治重大專項等資助。 

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高度保守的基因型和差異顯著的表型