北京基因組所升級開發進化樹可視化和注釋工具EvolView
進化樹是反映物種之間進化關系的常用可視化工具,用來表示不同物種親緣關系的遠近。為方便研究人員快速解讀進化樹中所包含的信息,基因組科學與信息重點實驗室胡松年組于2012年開發了進化樹可視化和注釋工具Evolview。該軟件支持多種常用進化樹格式(如newick, nexus, nhx等),并支持以多種方式對進化樹進行注釋,比如將注釋信息顯示為“餅圖”、“條形圖”等。
近期,在Evolview原有注釋功能基礎上,該團隊添加了7種新的注釋,包括點陣圖、熱圖、分組標簽等。此外,Evolview還提供5個個性化的展示案例,每個展示案例綜合利用了多種新的注釋工具對進化樹進行解讀,方便研究人員熟悉新的注釋工具,賦予進化樹更多的生物學意義。該成果于4月30日在Nucleic Acids Research 雜志在線發表,基因組科學與信息重點實驗室的胡松年研究員與客座研究員陳衛華博士是該篇文章的共同通訊作者。
自2012年發表以來,Evolview受到眾多用戶的歡迎。目前為止,共有2500個用戶上傳了12000個進化樹和8600個注釋文件,月活躍用戶、上傳數據量和引用次數都在持續增加。目前每月大約有200名活躍用戶,上傳550個進化樹和450個注釋文件。該工具為科研人員進行進化生物學、流行病學以及物種分類研究提供了極大便利。
Evolview新增的7種注釋工具示意圖
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