GPB 2014年第3-4期內容簡介
2014年第3期Genomics, Proteomics & Bioinformatics(GPB)紙質版期刊已經出版,共發表文章7篇。本刊執行副主編胡松年博士(本所)研究組,就小鼠出生后大腦發育過程中轉錄組表達進行了研究,發現在未成年階段基因表達最為活躍,為明確哺乳動物出生后大腦發育的分子機制提供了理論依據;
高友鶴博士(中國醫學科學院)等研究了不同利尿劑對尿蛋白質組的影響,發現利尿劑顯著影響尿液中的一些生物標記物的表達,提示未來生物標記物的研究應仔細評估藥物的潛在影響;
馬林博士(解放軍醫院)等研究了疾病相關基因calsequestrin 1 (CASQ1) 的多態性和熱射病(重度中暑)臨床指標的關系,發現SNPA175G與熱射病顯著相關,進一步的研究將有利于了解肌肉熱應激過程中的鈣調節分子機制;
Sudip Kundu博士(印度)等研發了一種新工具——C2Analyzer,可明確鑒定目標miRNA的結構和GO體系,同時,miRNA間的函數關系可以保存以備將來用做功能網絡分析使用,該工具可在www.bioinformatics.org/c2analyzer免費下載使用;
寧康博士(中科院青島生物能源與過程研究所)等研究不同的DNA提取方法對六味地黃丸的生物學組成成分鑒定的影響,為將來傳統中藥生物學研究提供了有效方案;高占成博士(北京大學人民醫院)等對人類咽部微生物菌群進行了研究,認為它們可能在呼吸道感染的預防中起積極的保護作用,這為此類疾病的治療提供了新的思路;
本期新增加數據庫更新欄目,Peter K. Rogan博士(加拿大)指出之前發表在本刊2013年第2期的一個mRNA拼接突變分析數據庫軟件現在可以提供網上服務,使用地址為http://shannonpipeline.cytognomix.com。
第三期封面
2014年第4期GPB即將出版,包括1篇前景展望,2篇綜述,1篇快迅和1篇方法文章。其中,由本刊副主編章張博士(本所)等撰寫的前景展望,首次確定了Biocuration的中文翻譯,指出目前中國在本領域研究面臨的挑戰,非常值得思考和推進,具有很強的前瞻性; 同時簡單介紹了Biocuration國際會議,為將于2015年4月23-26日在北京舉辦的第八屆Biocuration國際會議(Biocuration2015)預熱。本所是Biocuration2015的協辦單位,GPB也將以參展單位的身份參會,歡迎有興趣的人員關注、參加。關于會議更多詳情請登陸http://biocuration2015.tilsi.org/。
神經系統疾病包括中樞神經系統中多種復雜的疾病,由于很難接近病理中心,因此這類疾病的基礎和轉化醫學研究都受到了很大的限制。但隨著目前測序技術的飛速發展,使研究該類疾病的分子機制和生物學標記物成為了可能。本刊副主編雷紅星博士(本所)研究組,就神經退行性疾病和神經發育障礙疾病,以研究最廣泛的阿爾茨海默病和自閉癥這兩類最為嚴重的神經系統疾病為例,對最新基因組學研究進展進行了綜述,很有針對性和指導意義。
重復DNA序列是真核基因組的主要組成部分,可能具有種屬特異性,是分類學和系統發生學研究的重要工具。Shweta Mehrotra博士(印度)等對植物核DNA重復序列在類型、分布、進化和功能上的最新研究情況進行了綜述,隨著基因組學技術的進步,此類研究將能更好地幫助人們了解復雜真核生物的發生、發展過程。
鮑氏不動桿菌(Acinetobacter baumannii)是醫院中一種十分重要的條件致病菌,其對于多種藥物的耐藥性近年來也有越來越多的報道,而質粒被認為與耐藥性有關。因此,本刊編委高峰博士(天津大學)等通過對Acinetobacter baumannii MDR-TJ的全序列進行測序分析,發現了一種新質粒——pABTJ2,并對該質粒進行了詳細的分析研究,認為其包含的多種噬菌體樣元素和tRNA編碼基因與耐藥性有密切關系,這將幫助研究者們更好地研究Acinetobacter baumannii的耐藥性。
闡明復雜生物系統間相互作用的特性是蛋白質間相互作用網絡分析和計算生物學分析的主要研究目標。Massimo Natale博士(意大利)等開發了一個Cytoscape2.8版本的插件——FunMod,可挖掘無方向性的蛋白相互作用的網絡數據、推斷相互作用蛋白的子網絡數據、發現與疾病相關的通路,并通過拓撲結構分析來描述各個蛋白及其相關的生物學通路,以幫助人們更好地進行相關數據的判讀、分析。
另外,GPB將在明年4月出版“Biomarkers for Autoimmune Diseases”的專刊,由University of Texas Southwestern Medical Center的Edward Wakeland博士和Quan-Zhen Li博士共同擔任Guest editors,歡迎大家積極投稿,詳情請查看Call for paper。
以上兩期文章全文均可在GPB主頁(http://www.elsevier.com/locate/gpb)或ScienceDirect數據庫(www.sciencedirect.com/science/journal/16720229)中瀏覽下載,歡迎大家閱讀、引用。
第四期封面
敬請期待—GPB 10月出版Translational Omics專刊
GPB將在下一期(2014年第5期)出版“Translational Omics”的專刊,由本刊副主編方向東博士(本所)和本刊編委Andreas Keller博士(德國Saarland University)共同擔任Guest editors。目前已接收的稿件中,包括來自Ashok Amin博士(美國Virginia Tech)、祁鳴博士(美國University of Rochester Medical Center/深圳華大基因/浙大醫學院第一附屬醫院/沃森基因)、呂有勇博士(北大)、饒紹奇博士(廣東醫學院)和嚴江偉博士(本所)的文章,內容涉及基因組學、蛋白質組學及生物信息學技術在腫瘤等疾病及法醫學方面的應用,均為邀請來稿。歡迎大家關注本專刊。