基因組所成功開發整合網絡工具——iBIG
近日,北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室雷紅星研究員,帶領其團隊成功開發網頁版整合網絡工具——iBIG (integrative BIoloGy),該研究成果《iBIG: An Integrative Network Tool for Supporting Human Disease Mechanism Studies》在Genomics, Proteomics & Bioinformatics (GPB) 2013年第3期Gene Regulatory Networks (GRN,基因調控網絡) 專刊上發表。該工具整合了多種基因相互作用和調控信息,生成的基因網絡可以進行各類信息注釋并在線直接完成可視化,這種網頁版的可視化方式為網絡的完善提供了極大的方便。
此外,該工具還提供了一個附件R軟件包ArrayPro。利用該軟件包中提供的一系列函數可以對微陣列數據進行預處理;可以尋找差異表達基因,由此生成的重要基因列表通常可被用作iBIG的基因輸入;可以對基因列表進行功能富集分析;還可以構建功能模塊網絡,利用iBIG也可以將功能模塊網絡在線直接完成可視化。
為了展示iBIG的效用,雷紅星研究員及其研究團隊收集了54組人類常見疾病的微陣列數據,構建了基因和功能兩個層面的網絡。這兩個層面的網絡為人類疾病致病機理的研究提供了新的思路。
總的來說,iBIG是一個全新的網絡構建和可視化工具,其特色在于整合了多種基因相互作用和調控信息,網頁版的可視化方式,以及功能模塊網絡的構建。
iBIG鏈接:http://lei.big.ac.cn/ibig
R軟件包ArrayPro鏈接:http://lei.big.ac.cn/download/open_download_page.
論文鏈接:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022912001131
iBIG 架構圖