2013年第2期Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）紙質版期刊已經出版，共發表文章7篇，包括5篇研究性文章和2篇應用說明，以蛋白質組學領域的研究為主。

在孟德爾疾病樣本中，信息理論的方法已被證實能靈敏和特異地預測和定量非編碼區突變。Peter Rogan博士等 (加拿大) 開發了一款掃描全基因組突變位點并準確探測到與mRNA剪切相關突變的軟件，并用三個癌變細胞系驗證了軟件的靈敏性。

在鳥槍法蛋白質組學中，數據庫搜索算法依賴于碎裂模型（fragmentation model）去預測在給定肽段序列中可觀察到的片段離子。David Tabb博士等人(美國)開發的Basophile模型在計算電荷數時將片段大小和主要氨基酸的貢獻加權考慮在內，能準確預測肽段序列中不同片段所帶電荷。該模型通過一個有序回歸方程解決預測中的問題，使得這個過程更加簡便快捷，并且此程序可在鳥槍法蛋白組學鑒定中應用于任何一個數據庫檢索軟件。

通常，使用碰撞誘導解離功能的串聯質譜（CIDMS2）數據中的蛋白序列檢測是通過蛋白數據庫搜索（PDS）將已確定的肽離子重新比對到蛋白序列上完成的，而在CID MS2數據中找到一個目標肽段序列大多離不開人工的估算。Igor Chernukhin博士（英國）開發了一種簡潔的跨平臺且不依賴于數據庫的肽段MS2模式匹配實用工具——pepgrep,將各種翻譯后修飾（PTM）引起的數十種質量偏差整合到算法中，并使用了誘餌肽序列以減少假陽性結果。同時，使用這種方法我們可以在CID質譜中發現PDS算法錯過的新肽段。該工具使用方便，可在http://bsproteomics.essex.ac.uk:8080/data/download/pepgrep-1.4.tgz.免費下載。

NXS/T基序（X是除脯氨酸外的任意氨基酸）是糖基化的一致基序。大量的高分辨率糖基化蛋白晶體結構使科研工作者進行N-糖基化位點結構分析。Raja Mazumder博士等人(美國)開發了一款基于Python語言的工具SFAT對人，小鼠，果蠅，擬南芥和釀酒酵母五個物種的N-糖基化的天冬酰胺進行分析，并把分析數據放在網站上供免費下載（http://hive.biochemistry.gwu.edu/tools/sfat）。同時Raja Mazumder還在本期發表了一篇應用說明介紹了他們新開發的頁面工具SNVDis。SNVDis可在全蛋白質組水平上分析和預測功能位點、結構域和通路上的非同義單核苷酸突變(nsSNV)，其基本數據每三個月更新一次，SNVDis可在http://hive.biochemistry.gwu.edu/tool/snvdis免費使用。

肝臟和胰腺的慢性炎癥均與纖維化有關。證據表明器官特異性星形細胞參與這兩個器官的調節。Paulo和Steen博士等人領導的研究組(美國)使用質譜蛋白質組學分析了人肝星狀細胞（hHSC）的蛋白質組和人胰腺星狀細胞（hPaSC）來探討病理生理機制。研究對1222個的蛋白質進行量化，統計分析確定177種蛋白在hHSC豐度較高，而157種在hPaSC高豐度表達。GO分類表明，hHSC中具相對高豐度的蛋白質主要與蛋白質合成有關，而那些在hPaSC中相對豐度較高的蛋白參與了細胞的結構組成。

過去幾十年中，人們在蛋白質的氨基酸序列如何形成三維結構執行特定功能方面進行了大量研究。在非冗余序列數據庫進行的子序列研究為理解蛋白序列和功能之間的關系提供了寶貴線索。Selvaraj博士等人（印度）在前期研究的基礎上對八肽片段的反向序列結構進行了分析。研究發現含有相同反向八肽序列的蛋白含量并不豐富，八肽中的氨基酸對蛋白的穩定關系不大。此外，相同的反向八肽并沒有呈現出一致的物理和幾何特性。

GPB將在今年6月出版“基因調控網絡”專刊。另外，下半年出版的“誘導多能干細胞”的專刊，由中科院動物所的周琪博士擔任Guest editor，目前在征集來稿。歡迎大家積極投稿，詳情請查看Call for paper。

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