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                            基因組蛋白質組與生物信息學報首批在線預發表文章上線

                            近日,由中國科學院北京基因組研究所主辦的全英文學術期刊——《基因組蛋白質組與生物信息學報》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics, GPB),首批在線預發表(Article-in-Press)文章成功上線。此次該刊物在線預發表功能的開通與使用,對于幫助科研人員及時發表自己的最新研究成果,使讀者快速了解國內外的最新研究進展,以及提升GPB期刊的影響力都將起到積極作用。

                            自2003年創刊的近十年來,GBP一直遵循傳統按期發表文章的出版模式,但隨著人們對信息時效性的需求日益增長,為了縮短文章的發表周期,改善按期出版期刊的滯后性,從2012年6月開始,GPB將所有經過同行評議被接受的稿件,在ScienceDirect數據庫中率先以在線預發表的形式提前發表,讓文章更早地與讀者見面,供大家閱讀、引用。本期首批預發表的7篇文章,大家可通過以下介紹先睹為快:

                            1.  本刊主編于軍研究員就其十五年來關于基因組轉錄方面的研究成果發表了簡短評論,對一些問題進行了更深入的思考,并對一些傳統觀點提出了新的挑戰。

                            2.  全基因組序列分析是生物信息學和計算生物學研究的基礎,Bilal Wajid等人對過去數十年Genome Assembler的研究工作進行了總結,對二代測序技術的一般算法特點進行了綜述,為初學者和感興趣人員了解本領域提供了很好的幫助。

                            3.  在于軍研究員和胡松年研究員的指導下,崔鵬、劉萬飛、趙宇慧等人對三甲基化組蛋白H3賴氨酸4(H3K4me3)進行了研究。他們通過比較小鼠大腦和睪丸組織中H3K4me3、H3K27me3的基因組圖譜,發現該基因修飾與組織特異性表達、功能和發育密切相關。

                            4.  以上研究小組的研究還發現H3K4me3在正義基因3′端有顯著富集,被稱為3′-H3K4me3,3′-H3K4me3區域可能是作為反義轉錄的潛在啟動子而發揮作用,而這一現象可能在真核生物中普遍存在。

                            5.  小麥白粉病是由于感染白粉病菌引起的,可導致小麥減產。本刊編委王向峰老師與中國農業大學孫其信、解超杰老師等人合作,對兩種不同基因型(易感、抗病)小麥在白粉病菌感染前后的葉片進行了轉錄組比較研究。結果表明,抗白粉病是一種由大量基因參與調控的極度復雜的系統反應。

                            6.  水牛是一種重要家畜,但其全基因組序列信息尚需完善。Subhash J. Jakhesara等人利用水牛肌肉組織來源的cDNA作探針,從其基因組中捕獲Tissue Specific Temporal外顯子并進行454測序,以揭示該物種的肌肉組織特異性基因和單核苷酸多態性,為研究尚未完成全基因組測序物種的編碼序列變異情況,提供了新的策略。

                            7.  非編碼RNA(ncRNA)在轉錄水平調節基因表達方面起重要作用,但仍有許多ncRNA還有待進一步被發現。Michael Bao等人研發了一種基于ab initio的尋找基因組序列中ncRNA的新方法——ncRNAscout。與傳統方法相比,該方法由于加入了最小自由能t-scores和SVP值這兩個參數,因此能更精確地定位基因組中的ncRNA序列。該工具可在http://bioinformatics.njit.edu/ncRNAscout使用。 

                            注:如您想閱讀文章全文,請登陸GPB期刊預發表文章原文鏈接:http://www.sciencedirect.com/science/journal/aip/16720229.
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