近日，中國科學院北京基因組研究所/中科院上海生科院植生生態所韓斌研究員課題組，通過與中國水稻所、中科院遺傳與發育研究所、美國密歇根州立大學、華中農業大學和美國康奈爾大學等單位的研究人員合作，結合第二代測序技術和自主開發的基因型分析方法，對517份中國水稻地方品種材料進行測序，構建了高密度的水稻單體型圖譜（HapMap），并對秈稻品種的14個重要農藝性狀進行全基因組關聯分析，確定了這些農藝性狀相關的候選基因位點。相關研究成果于10月24日以全文形式發表在Nature Genetics上。（doi:10.1038/ng.695）

水稻是重要的糧食作物，也是植物基因組學研究的模式作物。水稻的株型（包括分蘗數，株高等），產量（包括小穗數，籽粒大小，千粒重等），籽粒品質（糊化溫度，淀粉含量等）和一些生理特征（包括抗逆性，抽穗期，落粒性等）都是水稻生產上重要的農藝性狀，克隆并研究調控這些農藝性狀的基因對于提高水稻產量，改良水稻品質等具有重要的理論意義和應用價值。

地方品種是已經適應了特定的農藝－氣候條件的作物品種，我國幅員遼闊，水稻地方品種繁多，它們都有適應特定生產條件的獨特的農藝性狀。闡明地方品種的重要農藝性狀的遺傳基礎對于提高水稻產量，保障我國糧食安全是非常重要的。本研究通過測定517個水稻地方品種的全基因組序列并利用新的數據－歸類的方法構建高密度的單體型圖譜，鑒定了約360萬個SNP位點。利用373個秈稻品種群體對14個農藝性狀進行全基因組連鎖分析研究，這些性狀包括水稻株型，產量，籽粒品質和生理特征等不同的方面。通過連鎖分析鑒定的位點可解釋約36％的表型變異，其中有6個位點的峰值信號與之前鑒定的農藝性狀基因緊密連鎖。本研究為水稻遺傳學研究和水稻育種提供了重要的基礎數據，并且證實了結合第二代高通量基因組測序和全基因組連鎖分析的研究方法是對傳統的通過雙親雜交來分析復雜性狀的方法的強有力的互為補充的研究策略。