2010年第2期《基因組蛋白質組與生物信息學報》(Genomics, Proteomics & Bioinformatics)共發表了4篇研究性文章以及3篇應用軟件說明。其中，中國科學院基因組科學與信息重點實驗室的陳開富等發現高等真核生物秀麗線蟲(Caenorhabditis elegans)的DNA序列以175個核苷酸為單位形成一定的周期性，并且這一周期性可做為具有良好定位的核小體在DNA上的特殊序列標記。運用HMM算法得知核小體并非隨機定位于DNA序列上，而是以差異穩定性結合基因組的不同區域，這一發現使得通過模擬計算解碼核小體在基因組上的定位位置成為可能。同一實驗室的何西淼、陶舒等通過對人類CGI庫(CpG island library)的分析發現CGI庫中豐度最高的序列均來自于線粒體DNA，這為深入理解線粒體DNA對核內DNA甲基化的調控提供了線索。印度的Prabu和Mandal利用已知的植物miRNA從茶(Camellia sinensis)的序列表達標簽(ESTs)中鑒定了4個可能的miRNA，以及30個與其相對應的靶基因，為人們更全面地了解茶中miRNA的功能提供了數據基礎。哥倫比亞Quindío大學的Arenas等對頂復門寄生蟲(apicomplexan parasites)的胰蛋白酶進行了鑒定和系統發育學分析，為新型藥物和疫苗的研制提供了幫助。

此外，本期還發表了三款生物信息學的應用軟件說明，包括一款鑒定sRNA定位的計算引擎PsRNA，一款用于預測C2H2鋅指蛋白中與靶DNA特異性結合的識別結構域的工具ZiF-Predict，以及一款用于檢測、注釋以及分析同源序列或旁系同源序列的軟件BiDiBlast。