2010年3月，中國科學院北京基因組研究所運用新一代高通量測序技術以及高性能的生物信息分析，完成了鯉魚基因組初步測定與分析工作，獲得了鯉魚基因組高覆蓋的基因組數據。“鯉魚基因組計劃”是基因組所與水產生物應用基因組研究中心和黑龍江水產研究所聯合開展的研究項目，目前項目進展順利，是我國魚類第一個全基因組測序計劃，也是世界上第一個鯉科經濟魚類基因組計劃。

本項目主要依托于基因組所基因組及生物信息學平臺第二代高通量測序儀進行測序分析工作，該平臺擁有13臺新一代高通量測序儀（SOLiD、Solexa和 454測序儀）、3臺3730xl，1臺3130xl的測序規模，擁有超過10萬億次/秒的計算能力和大于1000TB的存儲。目前已經完成部分454shotgun文庫段測序，總體數據已經達到4乘的覆蓋度，完成部分組織轉錄組的工作，為基因組注釋提供參考。目前該項目正在加緊進行生物信息學的分析，預計將比計劃提前完成鯉魚基因組框架圖的工作。

科學家希望通過鯉魚基因組測序及其序列分析為研究養殖魚類的生長、發育、繁殖、遺傳變異、疾病、與環境的相互用（包括抗逆能力）及其遺傳改良提供重要的參考甚至指導信息。通過鯉魚基因組的研究，可以獲得與經濟性狀相關的基因，與疾病的發生及免疫相關的基因等，為鯉魚的遺傳育種提供基礎。

隨著人和其它主要動植物基因組的破譯，模式動物和經濟動物基因組計劃方興未艾，越來越多的魚類被提上議程，世界各國的科學家相繼完成了一些魚類的基因組測序和分析工作，大都以本區域或者本國的魚類產品為主，例如日本完成的青鳉魚，挪威和加拿大共同完成的大西洋鮭等。作為我國魚類中分布最廣、品種最多、產量最高的鯉魚基因組計劃的開展，是我國水產科研步入現代科學先進行列的標志性事件，將對我國乃至世界水產業的發展產生重要的影響。